1191 год нашей эры, место Иерусалим. После третьего крестового похода, Святая Земля просто разрывается. Вы на данный момент будете играть за Альтаира, это бесчестный убийца и мастер своего дела, который был послан убить восьмерых людей, чтобы поставить точку в крестовом походе. Во время убийств, ты узнаешь, что твои жертвы хранят некую тайну, которая разрушит весь мир.